Рейтинг инновационных регионов для целей мониторинга и управления был разработан Ассоциацией инновационных регионов России (АИРР) в 2012 году совместно с Министерством экономического развития Российской Федерации при участии представителей региональных администраций и ведущих экспертов страны. Созданная аналитическая система рейтинга позволяет наглядно показывать региональным властям сильные и слабые стороны, направления для дальнейшего развития и совершенствования инновационных систем, а также динамику изменений по всем отражаемым индикаторами направлениям.

В основе формирования рейтинга лежит система из 29 индикаторов, которые объединены в 4 группы показателей: научные исследования и разработки, инновационная деятельность, социально-экономические условия инновационной деятельности и инновационная активность региона. Для подтверждения прозрачности и обоснованности рейтинга в исследовании приводится алгоритм его расчёта, последней стадией которого является выделение 5 групп регионов по уровню инновационного развития. Согласно данному распределению все регионы России принадлежат к одной из следующих групп:

• «сильные инноваторы» (значение индекса инновационного развития превышает 140% от среднего по стране уровня);
  
• «средне-сильные инноваторы» (значение индекса находится в пределах от 110% до 140% включительно);
  
• «средние инноваторы» (значение индекса находится в пределах от 90% до 110% включительно);
  
• «средне-слабые инноваторы» (значение индекса находится в пределах от 60% до 90% включительно);
  
• «слабые инноваторы» (значение индекса инновационного развития ниже 60% от среднего по стране уровня).

Лидерами рейтинга остаются Санкт-Петербург (172,9% от среднего уровня инновационного развития по стране), Республика Татарстан (169,6%) и Москва (166,4%), при этом Москва переместилась на третье место, а Республика Татарстан впервые стала занимать вторую позицию в рейтинге. К инноваторам с самыми слабыми показателями относятся 6 субъектов РФ, которые по-прежнему представляют северные регионы, регионы Сибири и Северного Кавказа.

Отдельное внимание в отчёте уделяется позициям регионов — членов Ассоциации: с указанием конкретных показателей раскрываются сильные и слабые стороны инновационного развития этих регионов. Так, к примеру, Республика Татарстан вышла на вторую позицию в общем рейтинге благодаря высокому удельному весу организаций, осуществлявших технологические и нетехнологические инновации, высокому удельному весу инновационных товаров, работ, услуг, инновационной активности региональных властей и т. д. В то же время у этого региона имеется потенциал для роста в публикации статей в рецензируемых журналах, индексируемых в РИНЦ.